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En 1989, une pluie de météorites tombe sur la petite ville de Smallville au Kansas. Les parents de Lana Lang (Kristin Kreuk) alors âgée de 3 ans, sont tués par une de ces météorites tandis que Martha (Annette Toole) et Jonathan Kent (John Schneider) découvrent dans un champ de maïs un petit garçon nu et son vaisseau spatial, qu'ils recueillent, adoptent et élèvent comme leur propre fils. Nous apprenons plus tard que ce n'est pas un hasard s'ils trouvent Clark dans ce champ. En effet Jor-El est déjà venu à Smallville plusieurs années auparavant. Et a été aidé par le père de Jonathan, qui lui a promis son aide s'il en avait encore besoin. Alors Jor-El confie son fils unique à l'enfant de cet homme qui lui a jadis sauvé la vie, dans l'idée qu'il fasse son apprentissage sur Terre, avant de revenir sur Krypton.

Douze années ont passé à Smallville. Clark Kent (Tom Welling) est devenu un adolescent séduisant, et intelligent qui mène la vie d'un lycéen sans histoire. Pourtant Clark est complexé. Doté de mystérieux pouvoirs qu'il ne maîtrise pas bien, il n'accepte ni ne comprend ses différences. Il découvre également les effets néfastes des Kryptonites vertes, et rouges sur son organisme. Il lutte aussi contre des êtres transformés par les météorites, et ainsi sauve de nombreuses vies. Au dépens de sa vie privée, et bien évidemment sociale.